西曆2150年，在4年前的「第一次蒼穹作戰」後，「異界體（Festum）」依然殘酷的摧殘著人類僅存的生活圈。在當時，夏威夷生存圈正遭受異界體攻擊，正當負責守衛及支援基地的人類軍仍頑強扺抗之際，新聯合國總部卻發出「交戰規定α」，以數枚核彈將基地以及其所在島嶼摧毀，但出現在該處的阿撒謝爾型異界體卻未受太嚴重的傷害。 在之後的一年，再次隱匿於世界中的龍宮島出現「狀況」。過去曾幾度襲撃島嶼的人類軍再次出現，且傳來救援訊號，而率領部隊的納雷因將軍卻無敵意，並表明希望讓雙方的「希望」見面……